Perbezaan antara penjujukan genom keseluruhan dan penjujukan senapang patah

Apakah penjujukan genom keseluruhan dan penjujukan senapang?

Ini adalah kaedah yang digunakan untuk menilai dan urutan DNA genom organisma pada satu masa.

Persamaan

Persamaan antara penjujukan genom keseluruhan dan penjujukan senapang termasuk;

• Kedua -duanya terlibat dalam penjujukan serpihan asid deoxyribonucleic
• Kedua -dua teknik melibatkan pemecahan genomik
• Kedua -dua teknik menggunakan digitalisasi dan berasaskan komputer
• Kedua -dua teknik ini memainkan peranan penting dalam kajian penyelidikan dan dalam diagnostik molekul

Penjujukan genom keseluruhan

Urutan keseluruhan genom AKA (WGS) adalah teknik terperinci untuk menyiasat keseluruhan urutan asid deoxyribonucleic genomik sel pada satu masa.

Penjujukan keseluruhan genom menjadi tersedia selepas menerbitkan projek genom manusia, yang memberikan rujukan untuk urutan genom manusia.

Penjujukan senapang patah

Penjujukan senapang melibatkan pemisahan asid deoxyribonucleic yang tidak dirancang untuk memecahkan urutan asid deoxyribonucleic ke dalam banyak serpihan kecil dan kemudian memasangnya semula (urutan) dengan memikirkan kawasan -kawasan tumpang tindih.

Perbezaan antara penjujukan genom keseluruhan dan senapang

Penerangan

Penjujukan genom keseluruhan

Penjujukan Genom Seluruh (WGS) adalah proses susunan satu langkah. Dalam teknik ini, keseluruhan genom (set haploid kromosom dalam mikroorganisma) ricih berlangsung terlebih dahulu. Selepas ini, masing -masing shard rapuh kecil ini menjalani proses pengaturan secara rawak. Setelah susunan atau penjujukan ini selesai, analisis berlangsung. Terdapat penghapusan proses penjujukan bertindih pada masa penilaian susunan/urutan, dan penilaian bukan teknik yang diperintahkan. Oleh itu, perhimpunan urutan adalah proses yang kurang berjaya dan berkhasiat. Walau bagaimanapun, proses penjujukan genom keseluruhan adalah cepat, dan penilaian keseluruhan genom (set haploid kromosom dalam mikroorganisma) boleh berlaku pada satu contoh.

Penjujukan senapang patah

Penjujukan senapang patah adalah kaedah makmal untuk menilai urutan asid deoxyribonucleic bahan genetik organisma (genom). Teknik ini termasuk memecahkan bahan genetik organisma menjadi serpihan asid deoxyribonucleic kecil yang mewakili penjujukan individu.

Penggunaan

Penjujukan genom keseluruhan

• Penyakit baru dan pediatrik - Mengurangkan varian struktur dan mengimbas kawasan exonic yang tidak ditangkap dengan sewajarnya.
• Ujian Ubat dan Farmakogenomik - WGS menawarkan mekanisme depan yang bermanfaat untuk ujian klinikal, yang membantu dalam mengklasifikasikan individu (pesakit) berdasarkan tindak balas mereka terhadap ubat atau ubat yang sedang dikaji.
• Variasi pengawalseliaan dan eqtls
• Jenis Rumor Rare - WGS adalah kaedah yang betul untuk menyiasat tumor yang jarang berlaku. Teknik ini membantu dalam mengkaji dan menangkap pelbagai mutasi lengkap, dari perubahan asas tunggal (satu asas dalam asid deoxyribonucleic berbeza dari asas biasa pada kedudukan itu) hingga penyusunan semula kromosom yang lebih besar, dalam percubaan satu kali.
• Klan Genomik - Pedigrees Penyakit Keluarga - Taps Multiplex Pedigrees dari Keluarga yang Dipengaruhi oleh Isu Genetik.
• Kohort besar dengan fenotip yang luas

Penjujukan senapang patah

• Menyiasat urutan asid deoxyribonucleic genom organisma.
• Kaedah yang cekap untuk secara tidak langsung urutan asid ribonucleic atau protein (melalui bingkai bacaan terbuka mereka)
• Kaedah yang paling disukai untuk semua jenis kromosom haploid lain dalam penjujukan mikroorganisma juga. Jumlah haploid set kromosom dari banyak organisma, - lembu, ayam, tikus, tumbuhan Arabidopsis thaliana, pufferfish, dan banyak organisma mikroskopik telah disusun mengikut teknik ini.
• Perhimpunan de novo yang hampir selesai dan hampir akhir genom mikrob dalam hari yang sangat kurang
• Kekuatan untuk menyusun genom yang besar dan kompleks
• GS FLX+ Sistem Baca panjang sehingga 1 kb
• Melakukan perhimpunan hibrid

Langkah-langkah

Penjujukan genom keseluruhan

• Menjana penjujukan berbunyi terus dari keseluruhan (haploid set kromosom dalam mikroorganisma) repositori
• Penggunaan kaedah pengiraan untuk dipasang semula dalam satu langkah
• Digunakan untuk lalat buah (Drosophila melanogaster) dan oleh Celera Genomics (dibangunkan 1998) untuk genom manusia (set haploid kromosom dalam mikroorganisma)

Penjujukan senapang patah

• Langkah -langkah dalam penjujukan senapang termasuk;
• Penyediaan Perpustakaan
• Penjujukan serpihan cfDNA
• Pengiraan Fragment
• Penjajaran urutan
• Analisis statistik, dan pelaporan.

Ringkasan

Titik perbezaan antara penjujukan genom keseluruhan dan penjujukan senapang telah diringkaskan seperti di bawah:

Penjujukan genom keseluruhan vs jujukan senapang